Planeta jest zbudowana z żelaza. Głównie z tego pierwiastka składa się jej gigantyczne jądro, stanowiące 3/4 całego globu. Dzieli się ono na dwie części: wewnętrzna skalistą i zewnętrzną płynną. Nad jądrem znajduje się płaszcz zbudowany z krzemianów.
Merkury to planeta z atmosferą. Jednak jest ona najcieńsza w całym Układzie Słonecznym. Z tego powodu nazywa się ją nieco inaczej: egzosferą. Tak określa się bardzo rzadki fragment atmosfery, w którym jest tak mało cząsteczek, że prawie nie zderzają się ze sobą. To powoduje, że stojąc na Merkurym, nie mielibyśmy szans porozumieć. Tak jak w otwartej przestrzeni kosmicznej, w egzosferze nie ma fali dźwiękowej.
Pomimo ogólnej wysokiej temperatury powierzchni na planecie znajdują się miejsca, w których zalega lód. Dzieje się tak za sprawą niewielkiego kąta nachylenia osi, wokół której obraca się Merkury, w stosunku do orbity, po której planeta ta przemieszcza się wokół Słońca. To oznacza, że na planecie są rejony, w które nigdy nie dociera światło słoneczne, np. do dolnych części niektórych kraterów w strefie okołobiegunowej.
